Não é nada incomum uma empresa possuir mais de um CNPJ, seja para as demandas de agência como para as demandas de uma produtora, por exemplo.
No sistema é possível realizar o cadastro de diversas empresas, mas apenas uma pode ser configurada como padrão. Para gerar documentos que sejam dessas outras empresas, você precisa realizar a troca da empresa vinculada e essa ação é bem simples :)
No caso dos jobs, quando você abre a tela de edição, basta clicar no menu de contexto e, em mais informações, realizar a alteração da empresa vinculada à atividade.
Já no caso dos demais documentos, no cabeçalho, basta clicar na setinha que está apontando para baixo e realizar a alteração da empresa.
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